Tóth István János 1997 óta dolgozik az MTA Közgazdaságtudományi Intézetében, mint tudományos főmunkatárs. Rendszeresen publikál a rejtett gazdaság, a vállalati magatartás és gazdaság-szociológiai témakörökben. Számos nemzetközi kutatási együttműködésben vett részt, melyeket az EU, a Világbank, EBRD, az USAID és az ICEG támogatott. Tanított a Budapesti Közgazdaságtudományi Egyetemen, a Rajk László Szakkollégiumban és a Széchenyi István Szakkollégiumban, jelenleg – félállásban – a Gazdaság- és Vállalkozáselemző Intézet igazgatója. Kutatásokat végzett a Magyar Nemzeti Bank, a Pénzügyminisztérium, a Külügyminisztérium, a Gazdasági és Közlekedési Minisztérium, valamint jogelődjei, a Miniszterelnöki Hivatal számára.