Semjén András a Marx Károly Közgazdaságtudományi Egyetemen (ma Budapesti Corvinus Egyetem) népgazdasági tervező-elemző szakon, gazdasági matematika szakágazaton végzett 1976-ban, ahol 1979-ben doktorált tervezési modellekből. 1997-ben kandidátusi fokozatot szerzett „Állami szerepvállalás és finanszírozás a közoktatásban” c. disszertációjával.
Egyetem után az Országos Tervhivatal Tervgazdasági Intézetében kezdte kutatói munkáját, ahol (illetve az OT megszűnése után a Pénzügyminisztérium kutatóintézetében) többek között makrogazdasági modellekkel, szociálpolitikai, oktatáskutatási és munkaerő-piaci témákkal és a jóléti államok gazdaságtervezési tapasztalatival foglalkozott. Mellékállásban pár éven át az Oktatáskutató Intézetben is kutatóként dolgozott. Az 1980-as évek végétől csaknem három évtizeden át 2017-ig tanított a magyar felsőoktatásban (ELTE, Széchenyi István Szakkollégium, Zsigmond Király Főiskola, Általános Vállalkozási Főiskola, Állatorvostudományi Egyetem), többek között közösségi szektor gazdaságtanát, szociálpolitika gazdasági kérdéseit és oktatás-gazdaságtant. Kutatói ösztöndíjjal több hónapot töltött különböző külföldi egyetemeken Osloban, Helsinkiben, Londonban (LSE), Urawában (mostani nevén Saitama-shiben); illetve rövid ideig Párizsban az OECD-nél is konzultánsként dolgozott. 1992 szeptembere óta dolgozik kutatóként a Közgazdaságtudományi Intézetben, ahol főbb kutatási témái az adózás, adózói magatartás, a rejtett gazdaság, felsőoktatás-finanszírozás, hallgatói hitelrendszerek, a közoktatás finanszírozása és irányítása. 1996 óta a KTI tudományos főmunkatársa, jelenleg az Oktatás-gazdaságtan és Munkapiac csoport kutatója.